土壤原生动物生活在土表凋落物（Litters）和土层中，包括自养性的植鞭毛虫（Phytomastigophora）、异养性的动鞭毛虫（Zoomastigophora）、肉足虫（Sarcodina）和纤毛虫（Ciliphora）几大类，是土壤动物的重要组成部分。其个体数和干物质量仅次于细菌和放线菌，对森林残积物的分解、转化，土壤形成与发育有着重要作用。并能敏感地反映土壤的微细变化，是监测土壤环境变化或污染较理想的指示生物。