生态系统为人类提供了自然资源和生存环境两个方面的多种服务功能。生态系统服务功能是人类生存和发展的基础。同时 ,一个生态系统只有保持了结构和功能的完整性 ,并具有抵抗干扰和恢复能力 ,才能长期为人类社会提供服务。因此 ,生态系统健康是人类社会可持续发展的根本保证。生态系统健康是指一个生态系统所具有的稳定性和可持续性 ,即在时间上具有维持其组织结构、自我调节和对胁迫的恢复能力。它可以通过活力、组织结构和恢复力等 3个特征进行定义。影响生态系统健康的原因有很多 ,多为人类活动所致。例如 ,污染物排放、非点源污染、过度捕捞、围湖造田、水土流失、外来种入侵和水资源不合理利用等是影响水生态系统健康的主要原因。评价生态系统健康需要基于功能过程来确定指标 ,特别是评价其受干扰后的恢复能力。包括其完整性、适应性和效率。生态系统健康评价方法尚处于实验和发展阶段 ,有必要对现有成果进行及时总结 ,提出方向 ,以促进生态系统健康研究的发展。生态系统健康评价主要包括指示物种和指标体系两种方法。在生态系统健康研究中 ,指示物种的选择应该谨慎 ,要综合考虑到它们的敏感性和可靠性 ,即要明确它们对生态系统健康指示作用的强弱。在水生态系统研究中，已被选择的指示物种有，浮游生物、底栖无脊椎动物、鱼类和不同水平生物的综合。建立生态系统健康评价指标体系大致可以从两方面选择指标，即生态系统内部指标，包括生态毒理学、流行病学、生态系统医学等方面和不同尺度指标的综合，以及生态系统外部指标，比如社会经济指标。但是，其它指标可能也适于进行生态系统健康评价，如景观格局、土地利用变化。到目前为止，对几乎所有的生态系统类型都进行 过健康评价。但是，由于生态系统健康研究是一个新领域，有关它的概念、评价的指示物种和指标体系等方面存在各种争论，生态系统健康评价正在不断的争论中走向成熟。其未来发展方向是结合经济学、社会学和健康科学的定量化生物学途径。生态系统健康评价的目的不是为生态系统诊断疾病，而是定义生态系统的一个期望状态，确定生态系统破坏的阈限，并在文化、道德、政策、法律、法规的约束下，实施有效的生态系统管理。